Khởi kiện hành chính có sự lo ngại?

Xí nghiệp môi trường X thuộc Sở Tài nguyên và môi trường tỉnh Y trong quá trình xây dựng trụ sở đã lấn sang diện tích đất vườn nhà anh H. Mặc dù đã nhiều lần lên gặp trực tiếp Giám đốc xí nghiệp cũng như lãnh đạo Sở Tài nguyên và Môi trường nhưng họ đều không giải quyết, cho rằng việc xây dựng đã thực hiện theo đúng quy định của pháp luật. Gần đây, sau khi xem hồ sơ giấy chứng nhận quyền sử dụng đất của anh H, cháu anh là luật sư đã tư vấn anh nên khởi kiện ra Tòa. Tuy nhiên, anh H rất băn khoăn vì cho rằng mình là dân đen, ít hiểu biết pháp luật, bên kia là cơ quan nhà nước, kiện thì cũng chỉ là kiện củ khoai mà thôi. Việc này có cơ sở hay không? Pháp luật quy định như thế nào về vấn đề này?